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二代健保的保費計算方式為，將現行的月薪資所得，擴大為綜合所得稅的各類所得，且以一年家戶總所得來計算。以修正目前有些人的股票及獎金收入很高，但月薪很低、只要繳一點健保費的缺點，提高健保費收費的公平性。

二代健保法草案於民國95年送立法院，但一直未審而遭退回，97年再送第2次，迄今仍「躺」在立法院。

二代健保以家戶年總所得做為計算基礎，費基擴大了，未來費率可望較現行的4.55％、或調漲後5.17％低，估算二代健保費率可望訂在2.5％至3％。

二代健保對於個人需繳的健保費訂有上、下限，原規劃個人的年健保費下限，是以最低的農民年繳健保費3144元做為參數。至於上限倍數，將在下限的6倍或9倍間做決定。如果為6倍，一年的健保費繳費上限為18864元；如果是9倍，一年健保費上限為28296元。

二代健保實施後，雖然投保薪資的費基計算更完整，較公平，但影響層面較大，如果費率調降不多，可能高達75％以上家戶保費都可能會調漲，尤其高所得及中所得的單身上班族、雙薪收入但無扶養人口者，健保費預計會大幅增加。